Da bei einer Neuinstallation von Windows die Systemregistrierung, welche vereinfacht gesagt die Konfigurationsdatenbank von Windows ist, überschrieben wird, sind oftmals die Einstellungen futsch. Benutzt man jedoch Programme, die ihre Einstellungen in eigene Konfigurationsdateien (z.B. .INI oder .CONF) schreiben und im Nutzerverzeichnis speichern, sollten nach einer Neuinstallation alle Einstellungen noch da sein.
Und ja, man kann Windows einfach "neu drüberschieben", zumindest geht das bei Windows 7 und neuer. Bei 98 SE kann man das System zweimal hintereinander installieren. Die erste Installation wird dann komprimiert gesichert und man hat im Startmenü den Punkt "Windows deinstallieren".