90°C solltest auf X11 nicht haben, bei weitem nicht! Das ist schon kritisch für die Karte, da fehlt ned mehr viel zum Crash. 70°C sind dann völlig ok, sowas habe ich beim Filmschauen mit voll verbautem System. Du hast hoffentlich nicht sowas wie Compiz laufen, daß das System so belasted wird am X11?
Zum Strom: Habe ebenfalls ein 90W Netzteil mit 12V. Funktioniert ohne Probleme, und kommt nie auf einen Verbrauch, der ein Problem darstellen würde, habs nachgemessen.
Vom PCI Bus sollte die Karte aber nicht einfach so verschwinden, schon gar nicht wennst nur auf der Konsole sitzt. Hm. Hast du eine 80x25 Textkonsole, oder lädst du vielleicht einen Grafiktreiber (z.B. nouveau) in der initrd?